V Montessori třídě je uplatňován princip připraveného prostředí. Prostor bývá uspořádán do koutků. Užívaný nábytek je velikostně uzpůsoben potřebám dítěte. Při výuce je užíván specifický metodický materiál či Montessori pomůcky. Klade se především důraz na svobodný rozvoj, samostatnost a tvůrčí práci dítěte. Vyučovací hodiny jsou organizovány do devadesátiminutových bloků. V Montessori třídě se rovněž dítě může volně pohybovat a věnovat se své činnosti tam, kde je mu to příjemné. Každý žák může postupovat svým tempem, procvičovat to, co ještě potřebuje, ale zároveň jít vpřed tam, kde by ho kolektivní výuka brzdila. To vše za předpokladu, že dodržují prodiskutovaná, pochopená a smysluplná pravidla práce ve třídě. Každý má právě tolik svobody, kolik jí je aktuálně schopen zvládnout.
Složení třídy je věkově smíšené do trojročí. Hodnocení prací a známkování probíhá slovně. Děti se učí samy porovnat své výsledky a zhodnotit svoje pokroky. Tak si udrží chuť k učení a zároveň jsou vedeny k samostatnosti a zodpovědnosti za zpracování daného učebního plánu.
Třídy se vzdělávacím programem ZŠ Montessori jsou vybaveny tak, aby vyhovovaly základním principům Montessori pedagogiky. Tvoří tzv. připravené prostředí, v němž každý najde to, co potřebuje vzhledem ke své vývojové fázi, senzitivnímu období a aktuálnímu vzdělávacímu zájmu. Dbáno je především na to, aby žáci mohli všechny potřebné činnosti zvládnout sami, bez pomoci pedagoga – plánování své samostatné práce, samostatný výběr učebního materiálu, práci s ním, kontrolu správnosti svého řešení, zakládání svých prací do portfolia, úklid třídy a další péči o sebe a prostředí třídy. Děti si svobodně vybírají místo ve třídě, kde a s kým chtějí pracovat, takže je nutné připravit různorodé možnosti: stolky k samostatné práci, stolky ke společné práci dvojic či skupin, koberečky pro vymezení prostoru při práci na podlaze, podložky nebo tácy pro vymezení prostoru při práci na stolku. Výukové materiály (Montessori aj. pomůcky, pracovní listy, knihy atd.) i ostatní pomůcky (výtvarné, hudební, úklidové ad.) jsou umístěny v otevřených skříňkách na policích tak, aby každá věc měla své jasně určené místo. Pomůcky jsou přehledně uspořádány podle vzdělávacích oblastí a vzájemné posloupnosti. Veškerý materiál je uložen v pohodlném dosahu dětí. Zásadní součástí připraveného prostředí je místo setkávání celého kolektivu – elipsa. Je určena ke společným aktivitám s učitelem, k vzájemné komunikaci, k cvičením koncentrace a ticha apod. Ve třídě je vyhrazen prostor, kam si mohou děti ukládat své osobní věci (jmenovkami označené šuplíky). Součástí připraveného prostředí je také prostor pro relaxaci.
